Ответ:
1. По загранпаспорту регистрацию делают (при условии, что это "консульский" паспорт, т.е. полученный в консульстве РФ в другом государстве, например при получении гражданства РФ)
2. Для получения общегражданского паспорта на основании наличия заграничного консульского паспорта, регистрация не требуется. УФМС не имеет права у Вас требовать временную регистрацию, так как она не нужна для получения паспорта.
Будут вопросы - звоните.